Em 24 de agosto de 2020 a Agência Estadual de Defesa Sanitária Animal e Vegetal – IAGRO publicou no Diário Oficial nº 10.261 a Portaria/IAGRO/MS N. º 3.653/2020 que estabelece as novas regras sobre as etapas de vacinação contra a febre aftosa do rebanho bovino e bubalino no estado.
Esta Portaria redefine as regiões sanitárias do Estado de MS em Planalto e Pantanal. De acordo com as novas diretrizes do Programa Nacional de Vigilância em Febre Aftosa (PNEFA), extinguiu-se a região de Fronteira (antiga Zona de Alta Vigilância – ZAV) determinação instituída pela Instrução Normativa N.º 48, de 14 de julho de 2020 e pelo Certificado de Reconhecimento Oficial do Brasil como Zona Livre de Aftosa, outorgado pela OIE- Organização Mundial de Saúde Animal em 13 de junho de 2020.
Os períodos oficiais de vacinação contra a febre aftosa estão estabelecidos de acordo com a região sanitária, conforme o calendário a seguir:
Região do Planalto: duas etapas obrigatórias (maio e novembro)
| PLANALTO | CATEGORIA | VACINAÇÃO | REGISTRO |
| MAIO | REBANHO TODO | 01 a 31/05 | 01/05 a 15/06 |
| NOVEMBRO | ANIMAIS ATÉ 24 MESES | 01 a 30/11 | 01/11 a 15/12 |
Região do Pantanal: uma etapa obrigatória (opção por maio ou novembro)
| PANTANAL | CATEGORIA | VACINAÇÃO | REGISTRO |
| OPTANTE MAIO | REBANHO TODO | 01/05 a 15/06 | 01/05 a 30/06 |
| OPTANTE NOVEMBRO | REBANHO TODO | 01/11 a 15/12 | 01/11 a 31/12 |
Essa portaria entrou em vigor na data de sua publicação e o novo calendário passa a valer a partir da Etapa Novembro/2020. Foram revogadas: Portaria/IAGRO/MS N. º 3.557/2016 e Portaria/IAGRO/MS N. º 1.420/2008.